电影开篇场景设置在一片大森林中,男孩Yukinari听到一声强力呼救后进入森林,遇见少女Mika,Mika是森林监护人,与雪拉比关系要好。一些伐木工人给森林带来麻烦,Yukinari帮助Mika摆脱伐木者。Mika向Yukinari解释森林存在的危险,以及他们要在有限时间内寻找所需答案。突然,雪拉比出现,将他们带入40年后的时代。在那里,他们遇见主角Ash、Misty和Brock,且Ash和Yukinari似乎有血缘关系。与此同时,火箭队成员Bisashu在寻找雪拉比。Ash和Yukinari主动与Bisashu战斗保护雪拉比,神秘的口袋怪兽水君也出现了。