“反转世界”是骑拉帝纳栖居的特殊空间,帝牙卢卡和帕路奇犽的战斗造成时空扭曲,使“反转世界”被阴霾笼罩,骑拉帝纳因此想将帝牙卢卡拖入反转世界。在“现实世界”,小智和皮卡丘一行遇到从反转世界逃出的感谢神奇宝贝洁咪,他们带着精疲力竭的洁咪前往神奇宝贝中心。洁咪用心电感应将小智一行带到它的“葛拉西蒂亚花田”,并告知花中隐藏着巨大秘密。小智等人离开时遇到前来捕捉洁咪的火箭队,同时神奇宝贝中心外装饰品镜面上出现“次元旋涡”,将众人带往反转世界。在反转世界,骑拉帝纳出现攻击洁咪,小智等人遇到学者穆玄·葛雷斯蓝多,他制止众人激怒骑拉帝纳。当小智一行在其帮助下返回现实世界时,企图利用骑拉帝纳力量支配世界的谜之青年杰洛出现,小智一行和洁咪的探索之旅陷入危机。