二十世纪最后的夏天,人类发现自己并非地球唯一的统治者,巨型生物「怪兽」和驱逐怪兽的「哥斯拉」出现。人类与怪兽历经半个世纪战争,屡战屡败后计划逃出地球。2048年,部分人类乘坐「阿拉特拉姆」号前往「鲸鱼座τ星e」。但抵达后发现该星球环境与地球差距大,不适宜生存。飞船上的青年晴雄4岁时目睹父母被哥斯拉杀害,20年来一直想回地球消灭它。此时移民无望,飞船内生存环境恶化,以晴雄为首的「重返地球派」决定返回地球。然而,经过2万年演化,地球已形成以哥斯拉为顶端的生态体系,成了未知世界,人类最终能否夺回地球,晴雄命运又将如何,充满悬念。