21世纪初,人类被哥斯拉夺走地球,部分人类前往其他恒星系移居失败后回到地球,此时地球已过两万年,变成“怪兽行星”,一切动植物都有哥斯拉细胞,君临地球的是身高超300m的“哥斯拉·地球”。主人公晴男燃起讨伐哥斯拉的执念,与人类子孙种族弗图亚相遇,他们发现对哥斯拉决战兵器·机械哥斯拉的残骸,启动武装要塞都市“机械哥斯拉都市”挑战“哥斯拉·地球”。作战中,人类与异星人比尔沙尔德的裂痕表面化,晴男舍弃打倒“哥斯拉·地球”的机会杀死比尔沙尔德首领加尔格,青梅竹马优子陷入脑死状态。而异星人宗教种族埃克西弗的大司教将晴男存活之事宣扬为“奇迹”增加信徒,以达成其隐藏的“终极目的”。米亚娜和玛伊娜警戒着埃克西弗,晴男也在思考身为“人”该做什么。不久,覆盖金色闪光的“基多拉”降临,超次元战斗开始,最终章将揭晓“哥斯拉”是什么、“人”该做什么以及晴男眼中的未来。